微生物は生態系の中で「分解者」の役割を果たし、動物や植物の作りだす有機物を栄養源にして無機物（二酸化炭素と水）のほか乳酸やアミノ酸などの有機酸やアルコールなどを生成します。

このような微生物の特徴を利用することを「発酵」といい、多くの食品の製造にも利用されています。また、同じ作用により有害な物質が作られることを「腐敗」と呼びます。

微生物は細胞分裂により増え、まわりの環境（温度、湿度、栄養、pH など）にも影響され、これらの条件が整うと爆発的に増殖します。